把菌液分装安瓿时，要特别注意无菌操作。最好使用无菌室、无菌柜(clean bench)或专用罩。使用前30分钟，用杀菌灯照躬工作台，就能几乎完全地防止空气污染。使用毛细管部较长的巴氏毛细吸管或用带长注射针的注射器，取0.1-0.2毫升菌液分装安瓿。这时，液量不要求很准确，应注意菌液不要附着于安瓿上部。这对避免病原菌的感染和熔封时的碳化具有重要意义。
分装安瓿后装棉塞。取剩余菌液的—部分进行培养，检验其纯性更为理想。同一菌种分装多数安瓿冷冻干燥时，使用手动式或自动式连续分装器较为方便。但处理病原性微生物时，要充分注意防止感染。
分装安瓿后，要迅速冷冻，最好在几分钟内进行。最迟不宜超过1小时。如放置较长时间，菌体沉积，形成不均匀的状态。另外，在多数情况下，分散剂起着微生物培养基的作用，如果冷冻前的接触时间长，微生物往往再次开始发育或孢子发芽。此外，还有分散剂所含有的较高浓度的碳水化合物及其他有机成分对某种自养菌起毒害作用的可能性。
尽管不同菌种同时冷冻干燥，只要装棉塞，在安瓿之间发生交叉污染的危险性是几乎没有的。但也不能说绝对没有这种可能性，最安全的是一次只限于一个菌种。应避免同时冷冻干燥2种以上，万一发生交叉污染时难以检验的菌种。
使用玻璃管瓶时，在分装完毕塞橡皮塞之尽进行冷冻。这时应避免橡皮塞塞得过深不利干燥。
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宏精机械
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